Святитель Афанасий, в миру Алексий, родился в 1560 (1597) году в городе Ревимне (или Ретимне) на острове Крите, в семье благочестивого грека Пателария. Пателарии отличались незаурядными умственными дарованиями. Отец Григорий Пателарий был выдающимся ученым, философом и публицистом. До 26 лет Алексий жил на Крите и образование получил в знаменитом Аркадийском монастыре, который давал своим ученикам разносторонние познания и твердое православное воспитание, что было особенно важным, так как Критом владели в то время венецианцы-католики. Он изучил риторику, грамматику и пиитику, математику и астрономию, музыку и литературу, богословские науки, превосходно владел древнегреческим, латинским, арабским и итальянским языками и удивлял современников своими познаниями и обширными знаниями. Но несмотря на образованность и известность в обществе, светская жизнь с ее суетными удовольствиями и призрачной славой не соблазнили Алексия — его влекла жизнь христианских подвижников. И после смерти отца он постригся в рясофор с именем Анания в одном из солунских монастырей, откуда позже ушел в монастырь Есфигмен на Афоне, где нес послушание в трапезной. С Афона он предпринял путешествие в палестинские обители и в одной из них принял иноческое пострижение с именем Афанасий. По возвращении в Солунь он был поставлен во пресвитера и распространял Христово учение среди валахов и молдаван, для которых перевел Псалтирь с греческого на их родной язык. Вскоре святой Афанасий стал известен как выдающийся проповедник, толкователь Священного Писания и гимнограф, автор духовных песнопений в честь Пресвятой Богородицы и некоторых святых.
В 1626 году святой Афанасий был назначен учителем в Валахию. Ему было поручено перевести с еврейского на новогреческий язык Псалтирь. Псалтирь в его переводе впоследствии хранилась в обители во имя святого апостола Иоанна Богослова на острове Патмосе, а списки с нее — в разных монастырях Святой горы Афон.
Изредка святитель уходил на Афонскую Гору для молитвенного уединения и Божьего благословения на пастырские труды. Святость его жизни привлекала множество христиан, желавших видеть истинного проповедника православной Христовой веры.
Своими трудами в славянских землях и духовными дарованиями св. Афанасий привлек благосклонное внимание Патриарха Константинопольского Кирилла I Лукариса (был патриархом с перерывами с 1621 по 1638 гг.), который, призвав святого подвижника в Константинополь, назначил проповедником при своей кафедре. В 1631 году святой Афанасий был хиротонисан во епископа и назначен на одну из главных митрополий Константинопольского Патриархата — Фессалоникийскую (Солунскую).
В это время Патриарх Кирилл I (Лукарис) был оклеветан перед султаном и заточен на острове Тенедос, а святитель Афанасий избран на патриарший престол 25 марта 1634 года, в день Благовещения Пресвятой Богородицы. Находясь на первосвятительской кафедре, патриарх Афанасий вел неустанную борьбу за Православие против еретиков, иезуитов и мусульман. Пробыв на патриаршем престоле около 40 дней, происками врагов Православия он был низведен, а на кафедру возвращен Кирилл I (Лукарис). Святитель отправился на Афон, где некоторое время подвизался в уединении. Там он устроил себе небольшую келлию (ныне на том месте русский Свято-Андреевский скит). Более года он прожил на Афоне, совершенствуясь в подвигах поста и молитвы. Святитель Афанасий затем жил один год в Италии, где папа предложил ему католичество, обещая возвести в кардинальское достоинство, но святитель Афанасий остался верен святому Православию.
Затем святитель Афанасий в 1635 году вторично был возведен на патриаршество, но через год был низложен и сослан в ссылку на остров Родос. После возвращения с 1638 года вновь управлял Солунской кафедрой, не прерывая связи с Афоном. В то время Солунская митрополия, как и вся Константинопольская Церковь, терпела притеснения со стороны турок и была крайне разорена. В храмах не хватало богослужебных книг, церковной утвари и облачений. Святителю Афанасию дважды приходилось посылать (с 1633 по 1643 гг.) прошения русскому царю Михаилу Феодоровичу (1613—1645) о даровании милостыни бедствующей Константинопольской Церкви, в первый раз он просил помощи на уплату долгов, оставшихся от его предшественника; во второй раз — «на выкуп заложенной в долг ризницы его митрополии и церковных сосудов». Позднее святитель Афанасий неоднократно обращался за помощью к русскому государю, а затем и сам совершал поездки в Россию.
Когда пребывание в Солуни стало для святителя невозможным, он в 1643 году вынужден был уехать в Молдавию под защиту господаря Василия Лукула и поселиться там в обители святителя Николая, близ Галаца. В Молдавии он неожиданно заболел и прожил до 1651 года. Но здесь он постоянно обращал свой взор к Афонской Горе, часто посещал ее и надеялся там окончить свою жизнь. Однако промысл Божий судил иначе.
В начале 1651 года святитель Афанасий вернулся в Константинополь и 25 мая был вновь поставлен патриархом, однако пробыл на кафедре только 40 дней.
В 1652 году святитель Афанасий вновь был возведен на Вселенскую кафедру, но пробыл на ней всего 15 дней, так как мусульманам и католикам не нравился этот проповедник православной Христовой веры.
Во время своего последнего патриаршего служения он произнес проповедь, в которой обличил папские притязания на главенство во Вселенской Церкви и мнимое апостольское преемство. Преследуемый мусульманами и иезуитами, физически ослабевший, он передал управление Константинопольской Церковью митрополиту Лаврийскому Паисию. 5 июля того же года перед Собором архиереев, клириков и мирян он добровольно отрекся от патриаршего престола. В особой грамоте он объяснял свой поступок так: «Не будучи в силах служить (патриаршего престола города Константинополя) защитою, принять на себя и нести обычные царственные обязанности, разные дела и труды патриаршего служения, удалились мы из патриархии по собственному желанию и доброй воле и творим отречение от патриаршего сего престола...»
В начале 1653 года святитель Афанасий вернулся в Молдавию, где получил от господаря в управление монастырь святителя Николая в городе Галаце. Зная глубокую веру и отзывчивость русского народа, святитель Афанасий предпринял путешествие в Россию.
В апреле 1653 года он был с большими почестями встречен в Москве патриархом Никоном (1652—1658) и царем Алексеем Михайловичем. Во время пребывания в Москве святитель Афанасий совершал богослужения в монастырях и храмах столицы. В июне он совершил паломничество в Троице-Сергиеву лавру.
Святитель Афанасий неоднократно встречался с патриархом Никоном, который произвел на него очень благоприятное впечатление. Святитель с большим сочувствием отнесся к предложенному патриархом Никоном делу об исправлении богослужебных книг по образцу греческих. По просьбе патриарха Никона, желавшего видеть отличие в чине архиерейского совершения Божественной литургии на Востоке и на Руси, он написал особое сочинение — «Чин архиерейского служения литургии на Востоке».
В декабре 1653 года святитель Афанасий отправился в обратный путь — в молдавский монастырь во имя святителя и чудотворца Николая близ г. Галаца. Этот монастырь еще ранее был дан ему в управление Молдаво-Валахским господарем Василием Лукулой (1634—1654). Русские царь и патриарх щедро одарили святителя милостыней на его монастырь и другие нужды, а также преподнесли ему ценные подарки, ткани для облачения, церковные сосуды, кубки, меха и т. д. По дороге святитель Афанасий заболел.
В феврале 1654 года он прибыл в Преображенский Мгарский монастырь в г. Лубны и остановился там, вероятно, в ожидании весны и выздоровления. Однако болезнь обострилась и 5 апреля, в среду на Фоминой неделе, святитель Афанасий скончался. Он был погребен игуменом Петронием по восточному обычаю: тело святого в полном облачении было помещено в кресло и опущено в каменную гробницу в монастырском Преображенском храме.
В 1662 году Газский митрополит Паисий Лигарид, проезжая через Лубны, просил показать ему гробницу святителя. «А как де гробницу раскрыли, и из гробницы наполнилось благовония, и обрели святейшего патриарха тело цело, лишь де у правой руки, как держал посох, пальцев двух или трех не было». Одежда почти вся и кресло сгнили, палица же и посох были целы. Обретение честных мощей произошло 1 февраля 1662 года, и святитель Афанасий был прославлен в лике святых.
Тело святителя было облачено в новые ризы и открыто для всеобщего поклонения. От святых мощей святителя Афанасия многие болящие получили исцеления. Необычное для России погребение святителя Афанасия в сидячем положении стало причиной именования его Афанасием Сидящим. Празднование было установлено 2 мая, в день памяти соименного ему святителя Афанасия Великого. В 60-х годах XIX века было составлено житие святителя Афанасия с описанием чудес, совершившихся при его мощах. В 1901 году, при епископе Полтавском Иоанне, в Синодальной типографии была отпечатана «Служба, иже во святых отцу нашему Афанасию, патриарху Константинопольскому, Лубенскому чудотворцу».
Ныне святые мощи патриарха Афанасия покоятся в Благовещенском кафедральном соборе в городе Харькове.
